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安捷倫 靶向序列捕獲試劑盒來(lái)了,快來(lái)圍觀?。?!

更新時(shí)間:2020-12-23 點(diǎn)擊次數(shù):1409

SURESELECTXT HS 靶向序列捕獲

 

 

SURESELECTXT HS 

什么是SURESELECTXT HS 

SureSelectXT HS 試劑盒作為安捷倫靈敏度高的雜交捕獲型文庫(kù)制備和 用于 NGS 的靶向序列捕獲解決方案,成為了 SureSelect 文庫(kù)制備試劑 家族中的成員。

 

----------------------------------------------主要特征---------------------------------------

• DNA 起始量 10 ng

• 針對(duì)高質(zhì)量完整 DNA 以及低質(zhì)量和高質(zhì)量 FFPE DNA 進(jìn)行了優(yōu)化

分子條形碼 (MBC) 標(biāo)記文庫(kù)可提高陽(yáng)性預(yù)測(cè)值 (PPV)

復(fù)雜度更高的文庫(kù),在靶標(biāo)區(qū)域中的讀出序列百分比更高

90 分鐘雜交和反應(yīng)預(yù)混試劑,實(shí)現(xiàn)更快速更高效的工作流程

 

 針對(duì) FFPE 優(yōu)化

FFPE 優(yōu)化文庫(kù)制備的重要性

盡管 FFPE 樣品為多種遺傳信息提供了有價(jià)值的來(lái)源,但從 FFPE 組織中分離 DNA 的難題 在于純化足夠分子量的 DNA 以及達(dá)到一定的擴(kuò)增和檢測(cè)質(zhì)量。通常而言,當(dāng) FFPE DNA 制備出來(lái)用于文庫(kù)生成時(shí),其降解程度已過(guò)高而無(wú)法用于高靈敏度的 NGS。因此,有 必要通過(guò)優(yōu)化文庫(kù)制備與盡量減少步驟數(shù)降低樣品損失,并從挑戰(zhàn)性樣品類型中獲得 高質(zhì)量文庫(kù)。

針對(duì) FFPE 優(yōu)化的安捷倫文庫(kù)制備

對(duì)于新鮮樣品與 FFPE 樣品中的多種組織類型,SureSelectXT HS 僅用 10-200 ng 起始原料即 可生成靶標(biāo)區(qū)域讀出序列百分比較高的更復(fù)雜文庫(kù)。為改善不同質(zhì)量 FFPE 樣品單核苷 酸變異 (SNV) 的識(shí)別和一致性,安捷倫已開(kāi)發(fā)出一款完整的工作流程解決方案,該方 案具有 DNA 質(zhì)量預(yù)評(píng)估(FFPE QC 試劑盒,部件號(hào) G9700A 和 G9700B 以及 4200 TapeStation 系統(tǒng))和單管文庫(kù)制備功能。

 

 圖 1. SureSelectXT HS 已針對(duì) FFPE 進(jìn)行了性能優(yōu)化,在質(zhì)量逐漸降低的樣品中多數(shù)堿基覆蓋率達(dá)到了 20X。 將測(cè)序深度越來(lái)越高的 20X 以上讀取深度覆蓋(4 百萬(wàn)到 8 百萬(wàn) - 2×100 bp 讀出序列)的堿基百分比相對(duì)于 gDNA 質(zhì)量(基于 qPCR 的 gDNA 質(zhì)量 (ddCq),并用安捷倫 FFPE QC 檢測(cè)試劑盒進(jìn)行計(jì)算)作圖

 

圖 2. SureSelectXT HS 在 100X 覆蓋率下優(yōu)于其他文庫(kù)制備解決方案,尤其是在樣品質(zhì)量下降時(shí):根據(jù) 8 百萬(wàn) - 2×100 bp 讀出序列的 1000X 測(cè)序深度,將 100X 以上讀取深度覆蓋的堿基百分比相對(duì)于質(zhì)量越來(lái)越低的 gDNA (基于 qPCR 的 gDNA 質(zhì)量 (ddCq),并用安捷倫 FFPE QC 檢測(cè)試劑盒進(jìn)行計(jì)算)作圖

 

高靈敏度

 

高靈敏度的重要性

靈敏度指的是得到正確鑒定的真實(shí)變異的百分比。在大多數(shù)情況下,靈敏度受到起始 量、檢測(cè)性能以及 PCR 與測(cè)序錯(cuò)誤率的限制。因此,傳統(tǒng) NGS 檢測(cè)的錯(cuò)誤水平通常會(huì) 由于腫瘤異質(zhì)性而影響低頻變異的檢測(cè)可信度。

SureSelectXT HS 的出色靈敏度

SureSelectXT HS 中包括的分子條形碼可幫助用戶在文庫(kù)制備、靶向序列捕獲和測(cè)序等可能 產(chǎn)生假陽(yáng)性變異的過(guò)程中過(guò)濾出假陽(yáng)性結(jié)果。SureSelectXT HS 中的分子條形碼對(duì)罕見(jiàn)變異的檢測(cè)頻率低至 ≤ 1%。多數(shù)用戶采用置信閾值且僅對(duì)等 位基因頻率高于 3%-5% 的變異進(jìn)行識(shí)別,因此這一性能十分重要。

 

圖 3. 等位基因頻率低至 1% 時(shí)的檢測(cè)結(jié)果。SureSelectXT HS 生成的文庫(kù)在測(cè)序深度 3000X 時(shí),即使在 VAF 頻率低至 1% 時(shí)觀測(cè)值和頻率預(yù)計(jì)值之間也具有高度關(guān)聯(lián)性(HD200 定量多重參考標(biāo)樣和 ClearSeq 綜合癌癥基因組合)

 

分子條形碼

 

什么是分子條形碼?

分子條形碼是*的 DNA 序列,它附著在給定樣品中的每個(gè)原始 DNA 上。這些獨(dú) 特的 DNA 序列包含隨機(jī)的核苷酸、部分簡(jiǎn)并核苷酸或核苷酸。分子條形碼附著在 DNA 上,為每個(gè)起始分子分配*的識(shí)別碼。

 

分子條形碼為何如此重要?

PCR 擴(kuò)增和測(cè)序過(guò)程中引入的錯(cuò)誤提高了原始 DNA 模板的整體錯(cuò)誤率。這些錯(cuò)誤或假 陽(yáng)性結(jié)果降低了樣品中低水平真實(shí)突變的靈敏度。這個(gè)問(wèn)題尤其容易發(fā)生在某些腫瘤 亞群等異質(zhì)性更高的細(xì)胞群中。分子條形碼通過(guò)消除假陽(yáng)性結(jié)果并提供誤差校正以實(shí) 現(xiàn)更準(zhǔn)確的變異識(shí)別,幫助用戶檢測(cè)模板 DNA 分子中的低頻突變。

 

圖 4. 利用分子條形碼 (MBC) 分析提高數(shù)據(jù)質(zhì)量。對(duì) Horizon cfDNA 參照和定制 164 kb SureSelect 基因組合構(gòu)建的 SureSelectXT HS 文庫(kù)進(jìn)行靶向測(cè)序,在去冗余后達(dá)到了 808(標(biāo)準(zhǔn))/906 (MBC) 的中等覆蓋率。經(jīng)過(guò)標(biāo)準(zhǔn)去冗余 后,在小于 2% 的變異等位基因頻率下檢測(cè)出 216 個(gè)非參照等位基因,而采用 MBC 得到的這一數(shù)字僅為 18。 這表明錯(cuò)誤識(shí)別減少了 92%。數(shù)據(jù)結(jié)果由英國(guó)倫敦癌癥研究所演化和癌癥中心的 L.J. Barber 博士和 M. Gerlinger 博士提供

 

簡(jiǎn)化的工作流程

 

 SureSelectXT HS 可減少單獨(dú)酶法步驟、清除步驟和樣品轉(zhuǎn)移,使用戶簡(jiǎn)化工作流程并維 持文庫(kù)復(fù)雜度,在較低起始量(低至 10 ng)下更是如此。我們的 90 分鐘雜交與更高效的反應(yīng)預(yù)混試劑結(jié)合使用,可使用戶 在一天內(nèi)完成從樣品處理到生成待測(cè)序文庫(kù)的過(guò)程。此外,工作流程支持在一次混 合中對(duì)多 32 個(gè)樣品進(jìn)行深度多重測(cè)序。

 優(yōu)點(diǎn)

• 90 分鐘雜交和反應(yīng)預(yù) 混試劑有助于更快速 更高效地處理樣品

• 在不到一天的時(shí)間內(nèi) 將樣品轉(zhuǎn)化為待測(cè)序 文庫(kù)

• Agilent SureCall 軟件有 助于簡(jiǎn)化數(shù)據(jù)分析 簡(jiǎn)化的工作流程有助于加快分析速度

 

 SureSelect 文庫(kù)制備與靶向序列捕獲解決方案

 

安捷倫公司具有多種文庫(kù)制備和靶向序列捕獲解決方案,適用于癌癥和遺傳性疾病應(yīng) 用。無(wú)論 DNA 起始量低至 10 ng 或高達(dá) 3 µg,文庫(kù)制備和靶向序列捕獲解決方案均可與 ClearSeq 基因組合、SureSelect 外顯子組或定制基因組合完美匹配。  

 

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